Les plaques entre les colonnes imitent un marbre rouge veiné de blanc. Au-dessus se trouve une très belle frise peinte sur fond or. La coupole présente l’oeuvre du lyonnais Auguste Perrodin, un Christ en majesté présentant en même temps qu’il le bénit le livre que lui seul peut ouvrir. Il est entouré de Saint Paul et Saint Denis, des martyrs lyonnais, de Saint Michel. En 1885, près de l’autel, a été installée, fort judicieusement protégée des mains indiscrètes et des voleurs, la bannière des maîtres tisseurs croix-roussiens, chef-d’œuvre de broderie.

Peu de changements depuis si ce ne sont les transformations apportées par le curé Feugère (1962-1981), coadjuteur du cardinal Gerlier. Installé à la veille de l’ouverture du Concile Vatican II, il lui reviendra d’intaller un autel neuf et de remanier le choeur de l’église, afin de proposer la participation de tous les baptisés à l’office eucharistique désormais célébré dans la langue de tous les jours.

D’après Saint-Denis de la Croix-Rousse, histoire d’une église et d’une paroisse par Max Bobichon
Le premier document qui atteste la présence d’un instrument dans l’église Saint-Denis date de 1838. Il s’agit alors d’édifier une tribune pour installer un orgue. Cette tribune ne sera achevée qu’en 1845. Cependant nous possédons les noms de plusieurs organistes qui se sont succédé depuis 1841 !
Nous ne savons rien de ce premier instrument qui, à bout de souffle, fut remplacé par un nouvel orgue, construit par le facteur lyonnais GUETTON-DANGON vers 1880. C’était, bien entendu, un instrument d’esthétique romantique. Il avait 15 jeux répartis sur deux claviers manuels et un pédalier. Il était placé dans le chœur, sous le cul-de-four. L’organiste jouait à la console située sous le buffet.
En 1937, 1’orgue fut installé à la tribune par le facteur Athanase Dunand ; la traction devint électrique ; le matériel sonore, sans aucune modification, fut distribué en deux corps situés de part et d’autre de la rosace centrale.
La maison Dunand de Villeurbanne construisit en 1968 un orgue neuf qui fut inauguré le 15 mai de cette même année. L’esthétique du nouvel instrument est toute différente. La traction mécanique impose de rassembler tout l’orgue en un seul grand corps. Pratiquement toute la tuyauterie existante est réutilisée, mais elle est rediapasonnée et harmonisée dans 1’esprit d’un orgue du XVIIIème siècle. II fallait pour cela ajouter une dizaine de jeux nouveaux et en particulier toutes les mixtures, inexistantes dans l’orgue primitif.
En 1981 un premier relevage a été effectué, car les noyaux des jeux d’anche fortement oxydés nécessitaient un traitement. Ce fut également l’occasion de compléter 1’instrument d’un clairon de pédale dès la construction.
Vingt-cinq ans plus tard, en 2006, un second relevage s’avérait nécessaire : la poussière s’accumulait partout ; la fiabilité des moteurs de tirage de jeux devenait que problématique ; certains tuyaux (en alliage assez mou) s’étaient affaissés sous leur propre poids lors de la canicule de 2003. Le travail a été confié aux établissements Olivier Bernard ; ce dernier avait déjà participé au relevage de 1981. Les quelques 1.800 tuyaux ont été réaccordés et l’orgue peut maintenant continuer de servir la musique et la liturgie, pendant encore un bon quart de siècle…